FileZillaでなぜかファイルの送信がスキップされることってありますよね?
僕もファイルの上書きをしたかったのですがこの問題に直面しました。
短時間にファイルを大量に送信したため、パーミッションが違うなど原因は色々考えられます。
意外と解決方法は簡単でした。
僕が解決した方法はターミナルでlinuxサーバーに入っていき上書き先ファイルをchmod 777にしそのあとにFileZilla上で「上書き」する方法でした。
そうするとスキップされることなくファイルが上書きされます。
ただしパーミッションはこの作業が終わったあとにしかるべき付与をするべきでしょう。